على امتداد سنوات نشاطها تواجه حركة النهضة اتهامات بتغليب ولائها للتنظيم على حساب الولاء للدولة التونسية. وفي الذكرى السنوية الأربعين لتأسيسها، توجه اتهامات إلى الحركة بمحاولة السيطرة على المشهد السياسي التونسي.