تتعدد أشكال تلوث نهر النيل، بين المخلفات الصلبة وتراكم المخلفات الزراعية. وتشكل قضية تلوث النهر تحديا كبيرا للجهات المختصة، حيث تبذل قصارى جهدها للحد من هذا التلوث.